西葫芦坐果的RNA-seq方法中，乙烯和赤霉素间的协调是授粉流程

来源：设计 2024年01月25日 12:17

之前的C.pepo突变原文是不明晰的，因为约50%的DEG在C.pepo磷醛化四组v3当中有当初的原文。DEG的结构和实时原文是通过BLAST比对和公共总和文档顺利完成的。

Blast比对揭示，55%的单突变在核苷醛获取nr总和文档当中不具备除此以外匹配，其当中注意到最多的命当中是Cucumismelo和Cucumissativus突变。

应用于恰当的总和文档Swiss-Prot也顺利完成了氨基酸同源性，拿到了超过30%的除此以外匹配。这种属于自己重构细胞比对无需原文20%的单突变。

这些单突变之前在参考C.pepo磷醛化四组当中无法原文。此外，还对最主要葫芦和葫芦的突变四组顺利完成了重构比对。

突变本体该词根据其与Interpro总和文档当中包含的都从的氨基酸相似性，全面性调配给检验的DEP。超过25%的DEG在生物现实生活，大分子实时和细胞成分都可当中被调配了至寡一个GO项。

这些单突变应用于一四组动植物特异性GO体态全面性分类为各不相同的实时都可。在生物现实生活、大分子实时和细胞成分都可当中，将DEGs分为动植物特异性GO体态。

代谢现实生活和细胞现实生活是生物现实生活当中纪念性最高的社会阶层，在非单性腺体原产地的受精和单性腺体器种的受精现实生活当中，也解剖了策划其他关键性生物现实生活的突变。

例如对激发的底物。在大分子实时都可下，调配给结合和催化活性，GO原文揭示该都可当中有大量的转移酶，激酶和水解酶，证明策划次级代谢物还原途径的突变是在坐果此后正向的。

在细胞成分的但会，与细胞，内层和细胞器涉及的GO该词获得了很好的代表还应用于KEGG通路总和文档原文了DEG。

非常了两个原产地受精与湿润可抑制检视的DEGs。采用聚类比对检验它们之间的共同完成强调突变。在MUCU-1570和Whitaker的两种外科手术当中分别正向了4522和16。

在这些DEG亚群当中，1007个突变在两个原产地当中是共同完成的，%MUCU-64原产地当中常用DEG的16%，在惠特克原产地当中%22%。

为了全面性了解这些DEGs的实时，对生物现实生活都可的GO钼顺利完成了比对，策划增生、DNA复制、肌动蛋白群众运动、磷醛化平衡或过氧化物现实生活的DEG高度钼。

GO钼比对证明，DNA复制、肌动蛋白群众运动、过氧化物现实生活调节、生物现实生活调节、表征、湿润可抑制诱导路径通路和细胞对湿润可抑制激发的底物是生物现实生活范畴的钼现实生活。

两个原产地在湿润可抑制检视的坐果现实生活当中正向了1213个DEG。GO钼比对揭示，与受精比起，湿润可抑制检视此后诱导的生物现实生活发挥作用关联性。

正向肌动蛋白群众运动，过氧化物现实生活平衡和生物现实生活平衡，但湿润可抑制涉及现实生活在该检视当中从未钼。

五、坐果现实生活当中与增生涉及的突变的强调

根据当初的DEG结果比对增生涉及突变，过滤增生细胞内和收缩细胞内。在受精现实生活当中，MUCU-18和Whitaker分别正向了32个和16个增生细胞内。

在这些增生细胞内当中，两个原产地当统战约16个DEGs，揭示造出相同的调节。注意到A型增生细胞内6个，B型增生细胞内4个，D型增生细胞内2个，CSK1和CDKB2突变。

除CYCP2-1外，所有增生细胞内在受精现实生活当中均回落。受精也正向了壮大细胞内的关联性强调，并且这些突变当中的相当多数被回落。两个原产地在受精坐果现实生活当统战强调4种收缩细胞内。

EXPA1、EXPA8、EXPA4回落，EXPLB1强烈调高。在湿润可抑制检视此后，在非单性腺体原产地当中注意到了2个增生细胞内，这些增生细胞内也在该原产地的受精检视当中被正向。

在单性腺体原产地的但会，24个增生细胞内关联性强调，也诱导了A，B，D和P型增生细胞内。

所有这些增生细胞内也是在该原产地受精现实生活当中正向的，但在湿润可抑制检视当中其倍数变化较较低。

在收缩可抑制的但会，EXPLB1在两个原产地当中也强烈调高，与MUCU-16比起，惠特克正向的收缩可抑制量非常多。

增生细胞内D6-1和EXPLA1s在单性坐果此后不具备相同的平衡和受精/湿润可抑制检视坐果效果。

六、坐果现实生活当中的激可抑制代谢和路径传导

根据当初的DEGs结果过滤激可抑制涉及突变，分别在MUCU-225和Whitaker的受精水果当中检验造出255和16个与激可抑制涉及的DEG。

在湿润可抑制外科手术此后强调的DEG量较寡，分别为99和210。这些检验的突变策划湿润可抑制、苯酚、赤霉可抑制、脱落醛、增生可抑制、草莓醛和水杨醛的过氧化物和路径传导。

与这八种激可抑制涉及的DEG的百分比，量和都可，在外科手术之间相似，除了湿润可抑制外科手术MUCU-16的情况。

坐果和单性坐果现实生活当中，最具纪念性的激可抑制涉及DEGs是湿润可抑制，其次是苯酚、赤霉可抑制和脱落醛。

还比对了突变强调的调节，证明与苯酚、赤霉可抑制和脱落醛比起，与湿润可抑制涉及的DEG展现出造出非常多的回落突变。

通过聚类比对阐释坐果现实生活当中常用激可抑制涉及突变的调节规律。在当初比对的与激可抑制涉及的DEG亚群当中，两个原产地在受精和湿润可抑制检视此后共约64个突变。

两个原产地受精此后和湿润可抑制检视此后突变强调的调节相似，这些常用突变相当多与湿润可抑制和苯酚有关。

湿润可抑制突变策划湿润可抑制路径传导、湿润可抑制极性转运、对湿润可抑制的底物和湿润可抑制参量，IAA突变IAA4、IAA14和IAA16与PIN6、WAT1和SAUR50周围在一同，展现出进过强调。

湿润可抑制过氧化物突变GH3.1及其SAUR家族和PIN家族的其他成员在受精和湿润可抑制检视下强调量减小。值得注意的是，IAA19、AUX22和WAT1在坐果现实生活当中展现出造出最强的回落。

DEG比对揭示苯酚涉及突变的mRNA水平减小。苯酚过氧化物突变和苯酚路径突变，包括ERF，EIN3或ETR2等，在坐果现实生活当中揭示造出调高。

除了这些与湿润可抑制和苯酚涉及的注意到外，与GAs过氧化物和路径传导涉及的突变空集也在坐果现实生活当中被平衡。与GA20ox1和GID2B的强调比起，注意到GA2ox2的强调强烈回落。

在大得多层面上，与增生可抑制涉及的突变，脱落醛，油菜可抑制和水杨醛关联性强调共同完成。

除CYP90A1外，所有突变均调高。CYP90A1，BRs过氧化物突变，回落并周围在一同湿润可抑制突变。

七、总结

在本岗位当中，从未比对和非常了西葫芦在坐果现实生活当中发生的磷醛化四组学变化，并在两个对比突显的栽培原产地当中顺利完成了非常，惠特克，单性坐果和MUCU-16，非单性水果坐果。

阐释了激可抑制在坐果现实生活当中的关键性作用，确立了湿润可抑制和赤霉可抑制对苯酚抑制的活化作用。

RNA-Seq总和数据的实时比对揭示了各不相同的候选突变，这些突变可以作为当前西葫芦育种计划当中单性腺体并不须要的标示出。

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